Im Spätherbst (Oktober/November) werden alle Meerrettichwurzeln ausgegraben und im Keller zum späteren Verbrauch eingeschlagen.
Dabei muß man darauf achten, daß auch die kleinsten Wurzelstücke mit erfaßt werden. Andernfalls entwickeln sich diese in den folgenden Jahren zu einem sehr lästigen Unkraut, denn auch das winzigste Stück treibt wieder aus. Im Keller werden die Stangen in feuchten Sand eingeschlagen. Der Keller muß aber kühl sein, weil sonst der Meerrettich im Laufe des Winters austreibt und dadurch der Gebrauchswert der Stangen vermindert wird. Recht kühl aufbewahrt hält sich Meerrettich viele Monate lang.