På senhösten (Oktober november) alla pepparrotsrötter grävs upp och packas i källaren för senare användning.
Du måste vara försiktig, att även de minsta rotbitarna ingår. Annars kommer dessa att utvecklas till ett väldigt irriterande ogräs under de kommande åren, för även den minsta biten kommer att gro igen. I källaren hamras stolparna till fuktig sand. Men källaren måste vara cool, annars spirar pepparroten under vinterns lopp och stickornas praktiska värde minskar. Om den förvaras svalt håller pepparroten i många månader.