Sidst på efteråret (oktober/november) alle peberrodsrødder graves op og pakkes i kælderen til senere brug.
Du er nødt til at være forsigtig, at selv de mindste rodstykker er med. Ellers vil disse udvikle sig til et meget irriterende ukrudt i de kommende år, fordi selv det mindste stykke vil spire igen. I kælderen er pælene hamret ned i fugtigt sand. Men kælderen skal være kølig, ellers vil peberroden spire i løbet af vinteren, og stokkenes praktiske værdi reduceres. Hvis den opbevares køligt, holder peberrod i mange måneder.