Die gefährlichsten Krankheiten des Selleries sind die Blattfleckenkrankheit (Septoriakrankheit), und der Sellerieschorf.
Die erste wird fälschlich Sellerierost genannt, weil auf den Blättern zahlreiche rostbraune Flecken entstehen. Die Folgen dieser Krankheit sind in der Hauptsache kleine Knollen. Der Sellerieschorf wirkt sich besonders stark auf die Knollen aus. Die schorfartigen braunen Erscheinungen an den Knollen gehen im Einschlag in Fäulnis über, so daß der Sellerie unbrauchbar wird. An den Pflanzen bewirkt der Sellerieschorf das Gelbwerden der äußeren Blätter. Beide Krankheiten treten in nassen Sommern besonders stark auf. Sie werden auch durch einseitige Stickstoffdüngung und das Gießen mit Jauche begünstigt. Als vorbeugende Maßnahme beizt man das Saatgut. Das Spritzen mit Kupferpräparaten hat nicht immer den erhofften Erfolg.