De farligaste sjukdomarna hos selleri är bladfläckar (Septoriakrankheit), och selleriskorpan.
Den första kallas felaktigt för sellerirost, eftersom många rostbruna fläckar uppträder på bladen. Konsekvenserna av denna sjukdom är främst små knölar. Selleriskorpan har en särskilt stark effekt på knölarna. Det skorvliknande bruna utseendet på knölarna förvandlas till ruttnande i anslaget, så att sellerin blir värdelös. På plantorna gör selleriskorv att de yttre bladen gulnar. Båda sjukdomarna är särskilt vanliga under blöta somrar. De gynnas också av ensidig kvävegödsling och vattning med flytgödsel. Som en förebyggande åtgärd är fröna dressade. Sprayning med kopparpreparat har inte alltid den önskade framgången.