De farligste sygdomme i selleri er bladplet (Septoriakrankheit), og selleriskorpen.
Den første kaldes fejlagtigt sellerirost, fordi der opstår talrige rustbrune pletter på bladene. Konsekvenserne af denne sygdom er hovedsageligt små knolde. Selleriskorpen virker særligt stærkt på knoldene. De skurvlignende brune udseende på knoldene bliver til at rådne i stødet, så sellerien bliver ubrugelig. På planterne får selleriskurv de yderste blade til at gulne. Begge sygdomme er særligt udbredte i våde somre. De er også begunstiget af ensidig kvælstofgødskning og vanding med flydende gødning. Som en forebyggende foranstaltning beklædes frøene. Sprøjtning med kobberpræparater har ikke altid den håbede succes.