Le malattie più pericolose del sedano sono le foglie (Septoriakrankheit), e la crosta di sedano.
Il primo è erroneamente chiamato ruggine di sedano, perché sulle foglie compaiono numerose macchie marrone ruggine. Le conseguenze di questa malattia sono principalmente piccoli tuberi. La crosta del sedano ha un effetto particolarmente forte sui tuberi. Le apparenze marroni simili a crosta sui tuberi si trasformano in marciume nell'impatto, in modo che il sedano diventi inutile. Sulle piante, la crosta di sedano fa ingiallire le foglie esterne. Entrambe le malattie sono particolarmente diffuse nelle estati umide. Sono anche favoriti dalla concimazione azotata unilaterale e dall'irrigazione con liquame. Come misura preventiva, i semi vengono conciati. La spruzzatura con preparati di rame non ha sempre il successo sperato.