Les maladies les plus dangereuses du céleri sont la maladie des taches foliaires (Septoriakrankheit), et la gale de céleri.
Le premier est appelé à tort rouille du céleri, car de nombreuses taches brun rouille apparaissent sur les feuilles. Les conséquences de cette maladie sont principalement les petits tubercules. La tavelure du céleri a un effet particulièrement fort sur les tubercules. Les apparences brunes en forme de gale sur les tubercules se transforment en pourriture dans l'impaction, pour que le céleri devienne inutile. Sur les plantes, la tavelure du céleri fait jaunir les feuilles extérieures. Les deux maladies sont particulièrement répandues pendant les étés humides. Ils sont également favorisés par une fertilisation azotée unilatérale et un arrosage avec du purin. A titre préventif, les graines sont habillées. La pulvérisation avec des préparations de cuivre n'a pas toujours le succès espéré.