Najgroźniejsze choroby selera to plamistość liści (Septoriakrankheit), i parch selera.
Pierwszy jest błędnie nazywany rdzą selera, ponieważ na liściach pojawiają się liczne rdzawobrązowe plamy. Konsekwencją tej choroby są głównie małe bulwy. Parch selera ma szczególnie silny wpływ na bulwy. Brązowe, przypominające strupki wyglądy na bulwach zmieniają się w gnicie podczas uderzenia, aby seler stał się bezużyteczny. Na roślinach parch selera powoduje żółknięcie zewnętrznych liści. Obie choroby są szczególnie rozpowszechnione w wilgotne lata. Sprzyja im również jednostronne nawożenie azotem i podlewanie gnojowicą. Jako środek zapobiegawczy nasiona są zaprawiane. Opryskiwanie preparatami miedzi nie zawsze przynosi spodziewany sukces.