Las enfermedades más peligrosas del apio son la enfermedad de las manchas foliares. (Septoriakrankheit), y la costra de apio.
El primero se llama incorrectamente óxido de apio, porque aparecen numerosas manchas de color marrón óxido en las hojas. Las consecuencias de esta enfermedad son principalmente pequeños tubérculos.. La costra de apio tiene un efecto particularmente fuerte en los tubérculos.. Las apariencias marrones como costras en los tubérculos se pudren en la impactación, para que el apio se vuelva inútil. En las plantas, la costra de apio hace que las hojas exteriores se vuelvan amarillas.. Ambas enfermedades son particularmente frecuentes en los veranos húmedos.. También se ven favorecidas por la fertilización nitrogenada unilateral y el riego con estiércol líquido.. Como medida preventiva, las semillas se visten. La pulverización con preparados de cobre no siempre tiene el éxito esperado.