De gevaarlijkste ziekten van selderij zijn bladvlekkenziekte (Septoriakrankheit), en de bleekselderij.
De eerste wordt ten onrechte selderijroest genoemd, omdat er tal van roestbruine vlekken op de bladeren verschijnen. De gevolgen van deze ziekte zijn voornamelijk kleine knollen. De bleekselderijschurft heeft een bijzonder sterk effect op de knollen. De korstachtige bruine verschijnselen op de knollen rotten in de impactie, zodat de selderij onbruikbaar wordt. Op de planten zorgt selderijschurft ervoor dat de buitenste bladeren geel worden. Beide ziekten komen vooral voor in natte zomers. Ze worden ook begunstigd door eenzijdige stikstofbemesting en bewatering met drijfmest. Als preventieve maatregel worden de zaden aangekleed. Spuiten met koperpreparaten heeft niet altijd het verhoopte succes.