Skörden av fänkålslökarna börjar, när de är ungefär lika stora.
Man drar upp plantorna ur marken och skär av stjälken strax under knölen. Bladen skärs också av direkt ovanför knölen. Om det finns risk för nattfrost bör de lökformiga fänkålsbäddarna förses med ett lager löv. Så här packar du löven mellan raderna, att knölarna är väl skyddade. Det är dock viktigt att skörda innan svår frost börjar. Efter skörd kan knölarna förvaras länge i kylboxen eller i källaren. För detta ändamål skärs bladen av cirka 10 cm ovanför knölen. Fuktig sand är bäst för påverkan.
Den som vill ha utsäde tillgängligt hela tiden, kan också dra den själv. För att göra detta, välj två eller tre plantor med välutvecklade knölar, lyft upp dem ur marken med största möjliga rotklump och övervintra på frostfritt ställe. Under våren (april) plantorna planteras på en skyddad plats, planteras igen på ett soligt läge och odlas vidare. Fröskörden kan förväntas runt början till mitten av september.