Høsten af fennikelløgene begynder, når de er på størrelse med en knytnæve.
Man trækker planterne op af jorden og skærer stilken af lige under knolden. Bladene skæres også af direkte over knolden. Hvis der er risiko for nattefrost, bør løgfennikelbedene forsynes med et bladlag. Sådan pakker du bladene mellem rækkerne, at knoldene er godt beskyttet. Det er dog essentielt at høste før udbrud af alvorlig frost. Efter høst kan knoldene opbevares i køleboksen eller i kælderen i lang tid. Til dette formål skæres bladene af cirka 10 cm over knolden. Fugtigt sand er bedst til påvirkning.
Alle, der ønsker at have frø til rådighed til enhver tid, kan også trække den selv. For at gøre dette skal du vælge to eller tre planter med veludviklede knolde, løft dem op af jorden med størst mulig rodklump og overvintrer et frostfrit sted. Om foråret (April) planterne er plantet et lunt sted, plantet igen på et solrigt sted og dyrket videre. Frøhøsten kan forventes omkring begyndelsen til midten af september.
