Knollensellerie verwertet organische Düngung recht gut und wird in die 1. Tracht gestellt.
Der Stalldung muß gut verrottet und abgelagert sein und wird bereits im Herbst gegeben. Steht nur frischer Stalldung zur Verfügung, pflanzt man besser nach einer mit Stalldung gedüngten Vorfrucht. Kompost wird dagegen erst im Frühjahr ausgebracht und bei der Bodenvorbereitung mit eingearbeitet. Die Kali- und Phosphordüngung erfolgt am besten kurz vor der Pflanzung, ebenso die Stickstoffstartdüngung. Dem hohen Stickstoffbedarf entsprechend, erhält der Knollensellerie noch 2 bis 3 Kopfdüngergaben, entweder Anfang Juli und Mitte August oder Ende Juni, Ende Juli und Ende August. Knollensellerie wünscht eine neutrale Bodenreaktion, verträgt aber frische Kalkdüngung nicht. Der Kalk muß deshalb schon zur Vorfrucht gegeben werden.