Knoldselleri udnytter organisk gødning ganske godt og er inkorporeret i 1. udklædning leveret.
Staldgødningen skal være godt rådnet og deponeret og gives om efteråret. Kun frisk gødning er tilgængelig, det er bedre at plante efter en tidligere afgrøde, der er blevet gødet med stabil gødning. Kompost påføres derimod kun om foråret og indarbejdes i jordforberedelsen. Kali- og fosforgødskning udføres bedst lige før plantning, ligeledes starter kvælstoffet gødskning. Svarende til det høje kvælstofbehov, får knoldsellerien stille 2 til 3 topdressinger, enten begyndelsen af juli og midten af august eller sidst i juni, sidst i juli og sidst i august. Knoldselleri ønsker en neutral jordreaktion, men tåler ikke frisk kalkgødskning. Kalken skal derfor allerede tilsættes den tidligere afgrøde.