Rotselleri använder organisk gödsel ganska bra och ingår i 1. traditionell kostym.
Stallgödseln ska vara väl ruttnad och deponerad och ges på hösten. Endast färsk gödsel finns tillgänglig, det är bättre att plantera efter en tidigare gröda som har gödslats med stallgödsel. Kompost å andra sidan appliceras bara på våren och inkorporeras i jordberedningen. Kali- och fosforgödsling görs bäst precis innan plantering, likaså startar kvävet befruktning. Motsvarande det höga kvävebehovet, får rotsellerin stilla 2 till 3 toppdressingar, antingen början av juli och mitten av augusti eller slutet av juni, slutet av juli och slutet av augusti. Rotselleri vill ha en neutral jordreaktion, men tål inte färsk kalkgödsling. Kalken måste därför redan tillsättas den tidigare grödan.