Może tak być w przypadku niektórych środków i terapii, ale generalnie nie można tego założyć, że jakikolwiek naturalny środek jest tak nieszkodliwy, że przyjmowanie niewłaściwych leków nie ma żadnego efektu. Podstawowa idea, za tą postawą, jest również sprzeczny: z jednej strony ufa się skuteczności medycyny naturalnej, ale zakłada, że tak, że pozostaje nieskuteczny i nieszkodliwy, jeśli weźmiesz zły lek.
Można to łatwo zilustrować na przykładzie homeopatii: czy lekarstwo może przynieść pozytywne efekty, trudno tak przypuszczać, że to nie działa, kiedy to weźmiesz, bez bycia chorym (lub zła choroba). Tę krytykę ze strony medycyny konwencjonalnej należy traktować poważnie i nie oceniać zbyt lekko – tylko dlatego, że środki mogą pochodzić „z natury”. (co niekoniecznie ma miejsce w przypadku homeopatii) nie są nieszkodliwe i bez problemu możesz je samodzielnie wybrać i używać.
Oprócz tej krytyki „pozornej nieszkodliwości” medycyny naturalnej nie należy całkowicie ignorować metodycznej krytyki medycyny. Nie każda metoda, że naturopata rozwija się i odkrywa na nowo musi być funkcjonalny i skuteczny (nawet jeśli nie można od razu odrzucić podstawowych poglądów medycyny naturalnej). W tej gałęzi medycyny metodologia jest znacznie mniej rygorystyczna niż w medycynie klasycznej, a użytkownicy chcą eksperymentować w nadziei, albo sukces, albo przynajmniej brak uszkodzeń. Dlatego na tym obszarze z pewnością jest wiele czarnych owiec, które niestety wymagają ostrożności i unikania. To samo dotyczy zdrowia medycznego i normalnego, że nie wszystko, co jest reklamowane?, musi być również skuteczny i „wart swojej ceny”.; niektóre metody są nawet nie tylko drogie i nieskuteczne, ale prawdopodobnie niebezpieczne.