Les déchets végétaux malades n'ont pas leur place dans le tas de compost.
Les agents responsables des maladies des plantes restent vivants même après la pourriture des déchets végétaux qui les contiennent. Avec le compost fini, ils reviennent dans le potager et infectent à nouveau les plantes. Par conséquent, tous les restes de plantes malades sont brûlés. Brûler est la seule garantie, que les agents pathogènes sont détruits. Le brûlage est particulièrement important pour les tiges de chou, ceux de hernie (tubéreux, excroissances de racines visqueuses) sont affectés. Aussi herbe de tomate, qui a souffert de la pourriture des feuilles, ne doit pas finir sur le tas de compost. Où la combustion n'est pas possible, les parties de plantes malades sont enfouies profondément dans une fosse.