Sygt planteaffald hører ikke hjemme i kompostbunken.
De forårsagende stoffer til plantesygdomme forbliver i live, selv efter at planteaffaldet, der indeholder dem, er rådnet. Med den færdige kompost kommer de tilbage til grøntsagslandet og inficerer planterne igen. Derfor bliver alle syge planterester brændt. Afbrænding er den eneste garanti, at patogenerne ødelægges. Afbrænding er især vigtig for kålstilke, de af clubroot (knoldet, slimede rodudvækster) er ramt. Også tomaturt, som har lidt af bladråd, må ikke ende på kompostbunken. Hvor afbrænding ikke er mulig, syge plantedele begraves dybt i en grube.