Bekæmpelse af sygdomme og skadedyr omfatter både forebyggende og direkte foranstaltninger.
Især de forebyggende plantebeskyttelsesforanstaltninger bør have ubegrænset opmærksomhed i kolonihaven. Som udgangspunkt omfatter dette alle foranstaltninger, som tjener den optimale planteudvikling. Startende med omhyggelig dyrkning og pleje af jorden, gennem en reguleret sædskifte til den rigtige gødskning, kunstvanding og ukrudtsbekæmpelse, bidrage til disse tiltag, sygdommen- og for at begrænse skadedyrsangreb. Brugen af kemiske midler bør kun betragtes som en supplerende foranstaltning og ikke som et universalmiddel.